邢玠，提督由李如松换为麻贵，兵部尚书由石星变更为李祯……如此一来，朝廷矛盾重重，加剧了政局的不稳定性。

万历二十一年，当战争进入和谈期时，明朝内部却围绕是战是和争论不休。不久后战事再起，沈惟敬、石星等人受到弹劾；

二十五年，赞画主事丁应泰弹劾杨镐“贪滑丧师，酿乱权奸，结党欺君”等一系列罪名，随后，麻贵又弹劾杨镐与其副将李如梅私通倭寇，“媚倭将清正，与之讲和”。自后，杨镐被罢官。