激烈。先是以李如松为首的武将与以宋应昌为首的文臣，在战争中因政见不同而产生矛盾，在战后又因论功行赏产生摩擦，双方各自为自己的阵营谋划利益。

在此次支援朝鲜的明军中，分为北兵和南兵，北兵善骑射，但他们攻城却很受限，而南兵多炮手，攻城时发挥了巨大的作用。但在论功行赏时，却使北兵居上，从而引起了南兵的不满。史载“南北军不和，军中流言传布”。

此外，东征将领频繁更替，经略由宋应昌替换为