是大秦军队之基，立国之初，一州设三卫，而每一卫之下则是设五个千户所，每千户所一千一百人，卫设卫都统，千户所设千户长，下有百户长，三卫则由各州的卫制侯辖制，卫制侯只是各州最高军事长官的名称，并非爵位，而各州卫制侯的顶头上司，便是各道负责军务的指挥使。

大秦十六道，各道最高长官是总督，但是总督只能管各道政务，却不能直接插手军务，而指挥使则只能掌管军务，却不能插手政务，名义上总督是各州最高长官