，他也受到了牵连，崇祯既位，茅元仪即赶赴京城，向崇祯进呈武备志，因被权臣王在晋等中伤，以傲上之罪，被放逐到定兴(今属河北)江村。

孙承宗复起，他又来到孙承宗军中，以幕僚的身份，随侍孙承宗左右。

在原来的时空，他是直到崇祯二年冬天，皇太极派兵入关，崇祯方寸大乱这才想起孙承宗，紧急启复孙承宗，茅元仪等数十骑，护卫孙承宗，从东便门突围至通州(今北京通县)，击退了后金军的进攻，解了北京