其丰富的动植物资源，复杂多样的生物基因，罕见的自然景观及其赖以存在的极高山自然生态系统，自然资源保护是保护区的主要功能 。

四川亚丁国家级自然保护区植物种类繁多，有木本、藤本、草本和维管束植物若干种。

主要针叶树种有鳞皮冷杉、鳞皮云杉、四川云杉、长苞冷杉、铁杉、红杉、高山柏、香柏等；阔叶树种有川柏桦、糙皮桦、山杨、青杨、白杨、大叶桉等；常见草种有短芒披碱