时行当然也不例外。他入翰林院数年之后，进宫为左庶子。左庶子是皇太子东宫左春坊的长官，职如皇帝的侍中。不过，申时行的具体职掌不是侍从东宫，而是以左庶子的身份掌理翰林院。此后又迁为礼部右侍郎，成为礼部的三巨头之一。

套用个高务实前世的说法，申时行干这个位置，叫做专业能力精湛，从政经验丰富，在多个岗位上经过充分锻炼，且职务分管正好对口。