五军都督府管理地方的军政事务，是皇帝安置勋贵，同时也是控制地方军政的关键衙门。

其下共有十司，军政司（秘书行政人事）、军械司（武器研究、装备囤积）、军需司（钱粮下发，物资囤积，食堂）、军学司（随军学堂）、军医司，以及军法司，军卫司（亲兵管理、戍守巡逻），军建司（军事建筑搭建管理，如军营，船坞）、练兵司（新兵招募、训练、下发）、水军司（统管水师事务）。

惯例是由国公