那部动漫也是描写哥斯拉的，而基多拉在这部动漫中又是作为哥斯拉的大敌登场。

可登场的那头基多拉很不一般，它并非和哥斯拉在同一时空，而是接受到艾克西夫人召唤后，跨越时空降临，与哥斯拉大战！

艾克西夫人梅德菲斯召唤那头基多拉降临时，他的眼睛就变成了现在基多拉、凯撒基多拉们眼睛一样的形态，眼中一张金色线条交织的网，网的中心闪烁着一颗明亮的金色圆点。