清军重设浙省水师之时，水师提督下辖直属标兵五营，每营千人，另辖左、右路总兵各一员，每路总兵标下辖中、左、右、前四营，每营亦千人，全师总计一万四千余人。不过所谓的右路水师总兵其实统领的是陆师，并无实际的海上作战能力。

明军攻克东宁，受此刺激，清廷正式将院右路水师总兵建制移交浙江陆师提督，改陆师为水师以防备明军的重新登陆浙省。水师设左、右两营，所部总计官兵四千一百二十七员