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于是朱纨便在沿海厉行保甲连坐制度，大力整顿海防，并于次年派大军攻克双屿，将捕获之通倭罪犯统统处死，最后更是不惜工本，堵塞了双屿港，以绝后患。

但因为地少人多，海上贸易早已成为东南沿海居民最重要的谋生手段，几乎家家户户都直接间接的参与其中。而且大海商的后台本就是诸势豪之家，于是朱纨被弹劾擅自杀戮，革职审问。

朱纨性情高洁，闻讯自尽。临死前说：“我贫且病，又意气自负，