为兵源，征调之后由京营管理。

所以亲军都护府主要是军政上的事务，主要由文官出身的护军使管理。

朱由检对此当然不满，说道：

“现有金吾卫都督府，不用重复设置金吾侍卫亲军都护府。”

“朕以为用有金吾卫都督加衔的人担任亲军都指挥使即可，不用重复设立衙门。”

这就抛开了护军使，如同五军都督府没有护