对于建文君则极力贬低，避免影响到皇位传承稳定。

为此，他不惜流着眼泪承认太祖在礼法上的过失，还把蓝玉案平反，把太祖杀戮功臣的源头栽在建文君上。

对于另一件让太祖名声受损的事情，朱由检也打算栽给建文君：

“国初有殉葬之事，源头始自哪里？”

太常寺卿李标道：

“殉葬之事，前元有之，国初因之，