朱由检的命令下到理藩院，引来了理藩院官员的第一次反对。

虽说理藩院建立时朱由检就明确规定可以用中旨管辖，但是对理藩院的大臣，他仍要表示尊重。

在黄立极、孔贞运提出意见后，朱由检召见两人，让他们阐述理由。

很少在朝堂上发出声音的黄立极，这次鼓起胆子道：

“陛下，当今之患在建虏，而非在于日本。”