但可惜的是，第十八王朝法老阿蒙霍特普四世大概看到了阿蒙神庙祭司们不断增加的财富所构成的威胁，决定推行宗教改革，底比斯从此衰落了二十多年。

而后到了第二十一王朝，随着底比斯统治集团内部矛盾的不断加剧，加上爱琴海和小亚细亚一带的“海上民族”的不断入侵，新王国日益衰落，底比斯也开始了自己的厄运。

公元前663年左右，入侵埃及的亚述军队再次火烧、洗劫了底比斯。