一百八十多年前，之所以能名列‘五山’之上，超越法系，全因此寺前身乃扶桑天皇离宫，而这位天皇曾规定，只有扶桑最优秀的禅僧，才能担任南禅寺住持。

南禅寺开山祖师叫做普门大师，法号玄悟，谥号大明国师。

这位扶桑高僧十几岁出家，后来拜入一个名叫‘圆尔’的扶桑僧人门下，而这位圆尔禅师乃扶桑禅宗一代高僧，其所创立的‘东福寺’，也是名列五山，乃京都五山第四位。

普门大师