河道行军大总管，率兵击之。十四年八月，进围高昌，其时文泰已卒，子智盛降，得二十二城，八千零四十六户，一万七千七百口，君集刻石记功而还。太宗以其地置西州。

君集入高昌时，私取宝物；将士亦竞相盗窃，君集其身不正，无能禁制。还朝后，为人揭弊，下狱，虽得免罪，却无赏功，遂心怀怨愤。其时，太子承乾屡有过失，魏王泰见机争立，两人乃各立徒党，君集与承乾结纳。同年，承乾为人举告有阴私谋逆事，即为太宗所废