然而就在阿丽塔恢复记忆不久，空间站高层派出的特工杀手以及救世军组织先后找上门来。

最终阿丽塔与救世军联手，摧毁了压迫奴役地球底层人民的空间站和太空电梯，同时也从残存的高层俘虏口中获知了潘多拉星球的存在。

由救世军成立的新地球政权决定控制地球上的行星发动机，向着潘多拉星球进发。

与此同时，新政权也派出以阿丽塔为首的先遣军，驾驶飞船前往潘多拉星球建立前哨站。