面对平叛的失败，蒋介石断然换将，国民政府军事委员会发布命令，组建西北边防军，任命白崇禧为西北边防军司令，负责组建西北边防军司令部，司令部设迪化，撤销新疆平叛司令部，胡宗南、刘文辉、马步芳出任西北边防司令部副司令。

随着这道命令，国民政府正式发表声明：“新疆叛乱是在帝国主义势力指使下，新疆民族分裂主义分子策划和实施的，企图分裂我国的武装叛乱，对于这种分裂国家的行为，国民政府决不妥协