最后念旧情的孔有德和李九成一干叛将打开城门释放了孙元化以及登莱官员宋光兰、王徵、张焘等等。

三月底孙元化等人被押解进京后投入镇抚司昭狱问罪。

其实按照孙元化的过失和山东造成的损失、死亡的人数，杀孙元化一百次都是罪有应得。

可是大明该死的官员何其多也，也不差孙元化一个，崇祯皇帝连杀人如麻挖了老朱家祖坟的张献忠都能够招安，为什么不能给徐光启老脸饶了孙元化的小命？