起义，东汉政府特别选拜王允为豫州刺史，征辟尚爽、孔融等名士担任王允的从事，率领重兵讨伐黄巾军。王允初次领兵打仗，便充分展示了他非同一般的文韬武略。预先，王允广泛征求从事和普通官兵的意见，设计了周密的作战方案；战斗过程中，王允亲自披挂上阵，大显身手，彻底击溃豫州一带的黄巾军。

之后，王允和左中郎将皇甫嵩、右中郎将朱儁共同受降数十万黄巾起义军。在受降过程中，细心的王允从农民军中搜查到一封中常