7个县被辽东郡所吸收，这时的玄菟郡已经是名存实亡，只是在辽东郡内的玄菟城仍然残留着“玄菟”这个名字。

王莽改高句丽为“下句丽”又名乐鲜，仍属幽州。其部将严尤诱杀高句丽的君主，高句丽遂脱离中原王朝独立，开始吞并玄菟当时的辖县。西元28年，东汉辽东郡太守发兵讨伐高句丽。大武神王高无恤坚壁清野，退入国内城。汉光武帝建武八年，新成立的东汉接受高句丽的朝贡。

汉安帝永初元年，将长城内候城