三个直辖市，就是北京、南京和凤阳府，凤阳又称为中都，也就是说三个都城都归朝廷直辖。后来中都地位衰落，划归到南京行政区域，凤阳府也归南京统辖，明朝也没有安徽行省，大部分地区都划归南京。

明代的省级划分是让人头痛的事，比如说湖南湖北被划做湖广行省，没有两广，怎会出来个湖广行省？那是因为元朝时，把两广、云南、贵州、湖南划作一个行省，统称湖广行省，明代引用这一称呼，却把两广、云南、贵州独立出来，