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康熙三十八年八月，最后一批海运漕船投入使用，至此，共计六百余艘大型海船往来五大码头，面取代了内陆河运。河道、漕运两个总督衙门合并成一体，成立内陆水利司，归工部衙门直管，该司主管官员挂工部侍郎衔，较之工部其他司高出一截，以示对内陆水利司的重视之意。三万余漕丁、十万家属除部分分流到海运中去外，一万五千余人投入垦荒，余下五千精壮转入水利司公干。至此胤祚最初上的海事折子已基本完工