暗部的职责主要包括三项。

第一项是间谍与反间谍，也就是情报工作，暗部职能的重中之重。

整个忍界，不论村内村外、国内国外，都是暗部展开情报工作的场地。每个国家都安插着木叶暗部的势力，火之国国内也遍布其它国家的情报力量，情报工作永远是暗部忍者的主题曲。

第二项是抓捕和审讯叛忍。木叶自己以及盟友的叛忍，都是木叶暗部追捕的目标。