与陆军不同，神鹰海军的战斗序列是以战舰为编队的，每个战斗小队由五艘小型魔能战舰组成，每艘魔能战舰上装载二百名海军和一百名人鱼战士。

在探索过程中，为了避免遭遇到危险而全军覆灭，神鹰海军规定每个战斗小队每次只能有四艘魔能战舰直接参战，第五艘会在后面观察敌情，一旦发现情形不对，会立刻返航向后方汇报具体情况。