王化贞任辽东巡抚的时候，辽东失陷，祖大寿带着逃兵难民上了觉华岛躲避。被辽东巡按御史方震儒参了一本，说祖大寿（那时候还叫祖天寿）除了逃跑还跟建奴不清不楚的，疑似拿觉华岛的粮草贿赂建奴。

后来孙承宗在组建关宁军，督师辽东的时候，让祖大寿负责宁远防御堡垒的工程修建。

可祖大寿明显不是个合格的包工头，除了害怕朝廷守不住宁远，消极怠工，还疑似贪污工程款，把城防工事修的厚薄不一。