部尚书一职，必须得由退出现役的高级将领出任。

刘允升因此退役，转身进入内阁，且一跃就成了内阁排名第四的大学士，排名紧跟在李春江后面。

傅山和郑芝龙两位上将军，则分授陆军司令和海军司令。两个司令部隶属于兵部之下，统领大汉两大军种的军政事务。

郑三俊出任内阁次辅建极殿大学士，李树初出任礼部尚书文渊阁大学士，张国维出任工部尚书体仁阁大学士、杨廷麟出任刑部尚书东阁大学士。