秦肃王朱谊漶的儿子，还同是庶子。朱谊漶是第十三代秦王，他在位时。是由庶长子朱存枢任世子的。不过世子崇祯二年就死了，因此等到朱谊漶崇祯十年时去世时，就由庶次子朱存机继位。

锦衣卫之前已经跟朱存机暗中接触，试图劝降他。而朱存机也确实有心投降，秦兵围攻李自成，也正是朱存机在锦衣卫的安排下发动的。

不过事情后面有些失控，朱存机派人围杀李自成，一场大战，两败自伤。李自成带着几百人逃了，而