建州铁骑所到之处，尽数焚毁房屋，掠夺谷物，掳劫人口，赫尔苏城也未能幸免于难，几近屠城，血流成河，一夜之间，一座大城几乎就成了废墟。后来日本人占了东北，1942年，日本人以开发水田，以在孤家子平原生产稻米为由，修建了二龙湖水库，而千年古城“赫尔苏城”也就是那时被淹没在水库之中，成为一座水下古城，彻底地消失在了人们的视野之中。不过每逢枯水季节，赫尔苏庙台等古建筑址仍能露出水面。

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