不过他们想得太简单了，大明已经不是过去的大明，没有军权的官员注定只能成为陪衬。

朱由崧对那些排斥他的东林党人也没有什么好感，而他真正能够依靠的则是将他扶上帝位的马士英和阮大铖等人。在应天府的皇宫内登基坐殿之后，朱由崧发布了一系列的任命决定，凤阳总督马士英因为拥立有功，直接跃升东阁大学士、督察员右副都御史，奉命组阁成为首辅。