然由徐光启担任，副院长为宋应星、王徵、毕懋康和孙元化。

这五个人作为科学院的核心机构，对各种实验项目的审批和科研成果转化等问题进行运作，同时负责与政府部门交流。科学院对福州大学和宁波大学的各个实验室拥有管辖权，同时研究成果与朱聿键麾下各个工厂进行对接，并能够利用那里的人才进行试验。

科学院下设诸多研究所，其中机械研究所由王徵管理，电学研究所由宋应星管理，枪械研究所归毕懋康管理，