吉思汗时期的辉煌。但是蒙古汗权不振已久，科尔沁、内喀尔喀、土默特、鄂尔多斯诸部皆各自为政，同时东方的建州女真正在努尔哈赤的领导下逐渐强盛起来，因此他早年的处境非常艰难。

汗位稳固以后，林丹汗为了提升自己的实力，开始逐年侵略大明以获取财物和人口。包括内喀尔喀部在内的许多蒙古部落开始归心，接受他的掌控。然而就在这个时候，林丹汗却在萨迦派僧侣沙尔呼图克图的劝说下，由格鲁派的黄教改宗萨迦派的红教