除正式确定各级指挥和安军使的职秩品级外，新建的军编制设参谋部，部之长官称参谋长，职衔略低军长和总镇，为从三品衔，负责一军日常训练和战斗指挥及情报搜集判断、军令文书等事。

军参谋部下辖战斗工兵（营编制）、传令特务兵（队编制）、作战参谋室（团编制）三个机构。

除新设参谋部外，军一级增设后勤司，司之长官称辎重官，衔定从四品的指挥佥事，下辖一个负责粮草辎重的运输营。除与军部直接交