广东廉州海安所和琼州隔海相望，自太平军占领全粤后，便在此修建军港，成为广东水师继珠江黄埔港之后的第二个大军港。远征军水师统制官吴远在此设立了水营副将，广东巡抚廖瑞祥也派遣使者接收琼州府，得儋州、崖州、万州等三州十三县，计得丁口六万七千余人。岛上原有抗清义师四千余人被悉数整编为琼州保安团，负责招讨岛上不服王化的少数民族，并围剿海盗窝点，负责地方治安。因不愿被汉人管辖，岛上黎族不断起事，数支黎