思明州原为永宁卫中左所，郑成功于永历九年将其改名为思明州，以表思念明朝之意。州署设知州及吏、户、礼、兵、刑、工等六官，广纳明遗官员，分理军政各事。不过不管是当地人还是外地人，都还是习惯称思明州为厦门。

自永历五年起，厦门就成了福建沿海复明势力的基地，现如今依附延平王郑成功抗清的军民有数十万之众，加之延平王从事海贸，使得厦门和隔海对望的金门一到夜间就灯火通明，各式货船在此停靠卸货装