在鸣人上位后的“博人传”时期，根组织的余孽搞出了一些事情，但起因也是部分根组织成员身份暴露后，在村子里完全呆不下去，进而产生“报复社会”的念头，而且造成的影响，与当初的稳定局面相比，副作用微乎其微。

不过日向一族的情况，确实并没有根组织那么棘手，根组织在暗中遍布木叶，完全要将他们的身份全都挖出来，木叶也要伤筋动骨，而现在日向一族还没有融入联邦之中，即使加入联邦，也达不到足以撬动联邦根基的