知郑芝龙反叛之后，朱由检当即召开内阁会议，讨论该如何处理郑芝龙反叛这件事情，以叶景为的内阁，主张坚决剿灭，对这样一小撮不顾国家利益，破坏国家安定团结，破坏国家领土完整的犯罪集团，要给予毁灭性的打击。

内阁的意思，也是朱由检自己的意思，他当即下旨，令水师提督宋海龙率领麾下的海事衙门下辖水师下南洋剿灭郑芝龙，东南各省的物资，宋海龙都有权利调配，东南各省的官员，都有配合宋海龙的义务。