书收藏在紫禁城文楼之中。后来由于文楼失火，虽然正本完好无损，但明世宗还是不放心，让人抄录了一份副本，收藏于皇史宬。

明末，永乐大典正本离奇消失，只留下后来抄录的副本。

它究竟是怎么消失的，去向为何，是不是还存在于这个世界上，一直是历史上一个难解的谜题。

然而永乐大典的副本也没有能够完整保存下来。

清乾隆时期检阅永乐大典，纪昀清查之后，发现缺少了1000余册，