澎湖在万历年间曾被荷兰人短暂占领过，后被大明水师驱走，春夏之交时澎湖处于浅水期，驻扎的水师返回福建，在蒋奎等人上岛时，岛上只有一些渔民，还有一些渔民建立的村落，没有城镇，村落的房舍除了少量石筑外，多半都是木制，这种屋子很害怕台风，不过渔民除了少数久驻澎湖外，多半也会在台风期返回福建。

蒋奎等人在台湾和澎湖等地的经历也是叫他们大开眼界，当时的台湾有两万人左右的汉人移民，澎湖只有几