体型巨大化，如同这只巨大快龙，以及将来大闹海滨城市的巨大毒刺水母。

有的本身身子构造变异，如水晶大岩蛇。有的是通过人为实验变异，胡飞手中的可以自由进化、退化的伊布，将来愤怒之湖之中的红色愤怒暴鲤龙等。

还有些活得年代久远，已经产生了灵智，也勉强算得上变异。例如少女峡附近的那只鬼斯通。

和口袋妖怪的游戏中不同，变异神奇宝贝在这个世界中都有着突变的属性值，通常变异的神奇宝