兽“哥斯拉”，并试图使用武器将其消灭，然而最后仅能使其沉睡于太平洋深处。此后各国便联合展开所谓“帝王计划”，以研究彻底消灭怪兽之方法。1999年，海洋某矿区发生地震，参与“帝王计划”的学者芹泽市朗前往调查，在陷坑中发现了虫形怪兽“MUTO（穆托）”的石化卵囊，还发现有只孵化的穆托已经逃逸。同年，小岛一所核电厂，因为未知原因的地震引发辐射外泄，工程师乔·布罗迪的妻子遇难。

15年后，乔·布