乘时立功，当及筋骨尚壮，为朝廷用。此后接受了南明的招抚，参与抗清活动。

后来，隆武朝廷建立，周鹤芝授封水军都督，驻扎舟山。

当时江北总兵黄斌卿纵兵抢掠商贩，周鹤芝力劝黄斌卿，同时亲自前去调节商贩与官兵的矛盾。

另外周鹤芝制定策略安抚商旅，对于投奔的人也是以礼相待，最终导致大部分投奔周鹤芝，最终黄斌卿恼恨周鹤芝，周鹤芝只好南下福州朝见