阶级压迫和宗教迫害双重利刃被加在岛原百姓头上，他们无路可走，被迫铤而走险。

修道士角藏、教徒三吉全家死引起了更大的愤怒，十月二十日，岛原有马村爆发一揆，林兵右卫门家中被愤怒的农民冲进，当场打死，上千名暴民攻占藩武器库，团团包围住了松仓氏的本城——岛原城。

十月二十七日，在天草时贞带领下，天草群岛也爆发土一揆，与岛原义军遥相呼应，大量信奉天主教的浪人和武士开始加入。