时学院盛行一时，几乎各府郡州治地都开设学堂，三立书院便是其一。

终于在万历皇帝上台后，采纳张居正的奏疏：“诏毁天下书院”三立书院也未能幸免，直至万历二十一年，魏元贞当巡抚时挂羊头卖狗肉，以立“三立祠”为名，实质上重新建三立书院并迁址今天的旧城街一代，到蔡懋德当巡抚后对其大加整顿，其中两大措施最为著名：一为聘请知州魏权中、举人韩霖、桑拱阳及傅山来院讲学：二为每月三集，集中讲学。初集讲圣谕，