洪武年间（36-39）指挥谢观、戚斌，永乐年间（403-424）指挥王宏相继修葺蓬莱水城。万历年间，人委寇侵犯朝鲜，增筑敌台二十八座，外扩九里。明天启年间，登莱巡抚袁可立曾在此操练水师，节制登州和东江两镇兵马，组成了一支五万余人的水师陆战队，并配以先进的火炮和战船，于东、西、北三面增筑敌台。

此时的蓬莱水城规模远比一般的州城要大，逞不规模的长方形，临海而建，占地面积约为一百零九万平方米，