等到皇太极被押回汉京接受审判之后，北海舰队和黄海舰队前往濑户内海。

北海舰队和魏州岛分舰队在大阪沿岸登陆，丰臣氏开门纳降，被迁移到辽东接受管制。

郄琳派遣第九军和智仁的倭军共二十万，扫清京都周围的各方势力，围困住京都王城。

六月初三，伪倭王政仁宣布投降，去倭王的王号，携全体亲眷前往辽东为他准备好的村庄定居。

六月初六，倭王智仁回归，在京都宣布倭国一统